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合意された接種回数については以下のとおり。
<原則1回接種>
・医療従事者
・1歳未満の乳児の保護者
・妊婦
・中・高生
・高齢者

<原則2回接種>
・1歳以上小学6年までの子ども
　(1回接種では効果が足りない可能性があるため)

<医師の判断により2回接種>
・白血病やエイズウイルス（ＨＩＶ）感染などで免疫状態が悪化している人

意見交換会では、9月中旬に開始した臨床試験(健康な成人200人に北里研究所の製造したワクチンを接種)の中間報告を国立病院機構が公表した。

これによると、通常の分量のワクチンを1回接種した96人中72人(約75％)で十分な抗体を獲得していたことが確認され、臨床試験の担当医師は通常量でも海外の評価基準を満たすと指摘した。

一方、副作用については、注射個所が赤くなるなどの軽いものが全体の45.9％で起きたほか、ショック症状「アナフィラキシー反応」と中毒疹(ちゅうどくしん)がそれぞれ１件ずつあったとしている。

全く新しいインフルエンザウイルスの場合、1回のワクチン接種では免疫が十分上がらないとされており、新型と同じH1N1型である季節性のAソ連型インフルエンザへの感染歴により、新型に対しても基礎的な免疫を得ている可能性があるためという。

原則1回接種が最終決定された場合、これまで輸入ワクチン対象とされてきた「小学４年以上」と「中高生、高齢者」へも一部国産ワクチンを接種できるようになるのでは、との見方も出てきている。

輸入ワクチンについても現在試験が行われており、厚生労働省は試験結果を基に接種回数を判断する見込み。