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特措法では、ワクチンの接種によって副作用など健康被害が生じた場合、予防接種法の2類疾病(高齢者等の季節性インフルエンザ)の定期接種に準じた医療費や障害年金、遺族一時金を給付することを規定している。
また、輸入ワクチンの接種による副作用被害についても、海外メーカー側の訴訟費用や損害賠償金を政府が肩代わりするなどの公的補償や海外メーカーの免責を定めている。

この特措法の対象となる救済措置は、施行前の予防接種についても適用される。